교토와 네리마의 치열한 전투를 극복하며,

시키 일행 라세츠 학원의 학생들은 조금씩 성장해 나간다.

하지만 동료의 소중함을 가르치는 무다노에게 야오로시 이카리는 반발한다.

야오로시 이카리는 귀국대 부대 대장 토도로키 하야테가 내세운

‘모모타로의 완전한 말살’에 공감해 라세츠를 떠난다.

귀국대 부대의 신념은 비전투원도 살해 대상이 된다.

그 사실을 눈치챈 시키는 무다노와 학생들과 함께 야오로시 이카리를 추격한다.

목적지는 닛코. 얼마 전부터 화엄 폭포가 멈추고 거대한 연구소가 세워져 있었다.

그곳에서는 무시무시한 실험이 진행되고 있었다....