건담의 순양함 화이트베이스는 수리를 위해 중립 콜로니인 사이드 6에 정박한다.
그곳에서 아무로는 뉴타입 여성 라라와 운명적으로 조우한다.
그러나 아무로의 라이벌 샤아를 사랑하는 라라는 샤아 대신 건담의 빔을 맞고 전사하고,
아무로는 본래 인류를 혁신으로 이끌어야 할 뉴타입이 전쟁의 도구로 이용되는 것에 깊은 슬픔을 느낀다.
마침내 연방과 지온의 최종 결전이 시작된다.
건담의 첫 세대가 풀어내는 우주전쟁의 최종장.