고교생 명탐정 신이치에게 보낸 유명 건축가인 모리야 교수의 파티 초대장을 받은 코난은 어린아이의 몸이라 혼자 갈 수가 없어 일행과 함께 파티에 다녀온다. 하지만 파티에서 돌아오자마자 뉴스에서 모리야 교수의 집이 불타는 장면을 목격하게 되고, 방화 범인으로부터 전화 한 통을 받는다. 자신과 정식으로 승부를 겨루자며 도쿄 곳곳에 설치한 폭탄을 찾아내보라는 것이었다.