하늘에 떠있는 섬에서 거인병 부란키들을 관리하던 가문의 소년 아즈마.
섬에서 일어난 사고로 잠들어있던 특별한 부란키 오우부를 타고 지상으로 내려오지만.
정부를 뒤에서 조종하는 흑막 반류 레오코의 계략에 의해 누명을 쓰고 쫓기는 신세가 되어 해외로 도망친다.
그로부터 10년 뒤.
아즈마는 의사를 가진 무기 부부키를 사용하는 레지스탕스와 함께 오우부를 되찾기 위해 일본으로 돌아오는데.