요괴가 보이는 소년 '나츠메 타카시'는 외할머니의 유품인 '우인장'을 손에 넣게 된다.
하지만 '우인장'은 외할머니인 레이코가 요괴에게 이겨, 그 이름을 빼앗은 계약서였다.
그 후, 타카시는 이름을 돌려받으려고 하는 요괴들에게 노려지게 되었는데,
요괴 '냥코 선생'을 만나며, 요괴들에게 다시 이름을 돌려주게 된다.